ここでいう紛らわしい文字色というのは、リンクと誤認してしまうようなものの事です。

例えば、リンクの文字を青色に設定しているとします。
その上で文章中の強調などにリンクと同じ青色を使った場合、訪問者はその文字をリンクだと思ってしまうでしょう。
リンクだと思ったのにカーソルを合わせてもカーソルが変化せず、更にクリックしても何も起こらないと少しがっかりしてしまいます。

これは文字装飾のアンダーラインでも同じ事が言えます。
何も変更していない場合、通常リンクにはアンダーラインが付いています。
それによって、多くの人はアンダーラインがあればリンクだと認識すると思います。

例え文字色が黒であっても、アンダーラインはそれをリンクだと思わせる力が強いように感じます。
実際、黒文字にアンダーラインでリンクを表しているサイトもありますから余計に。
そんな中、文章中にアンダーラインを使ったら、やはり訪問者はそれをリンクだと誤認してしまうでしょう。

要するに、リンクと同じ文字色・装飾はリンク以外の文字に使うな、という事です。
もちろん、それをリンクだと誤認させないような工夫がしてあれば別ですが。

以下サンプルです。