スタイルシートを使えばリンクの文字色や装飾を変更出来るのはご存じだと思います。
ですが、変えられるからといってサイト運営者の気分で好きなように変えられては困る場合があります。

ブラウザの初期設定は文字色が青でアンダーラインとなっています。
それを例えば、文字色が赤で装飾無しとかに変更したとします。
ぱっと見てそれがリンクだと判別出来るでしょうか？

メニューなどのリンクであれば問題ないかもしれませんが、それが文章中に突然現れた場合にはどうでしょうか？
それを強調の為の装飾だと捉える人も多いと思います。

やはり、基本的には青が一番分かりやすいです。
アンダーラインについては、付けていないサイトも多いので無いからと言ってそれほど大きな問題になる事は無いかと思いますが、インターネット初心者をターゲットとしたサイトであればアンダーラインも付けておく方が親切です。

もし初期設定を変更する場合は、マウスオーバー変化を使うのが非常に効果的です。
ただカーソルが変化するだけでは分かりづらいので、例えばアンダーラインが出現するとか、背景色が付くとか、文字色が変化するなどの効果があれば、それがリンクだと判別しやすくなります。