リンクタグに「target="_blank"」このターゲット指定を加えると、リンク先を新ウィンドウで開く事が出来ますが、これには少し注意が必要です。

例えば、同じサイトのコンテンツなのに、突然あるページだけ新ウィンドウで表示されたら訪問者はどう思うでしょうか？
また、全てのリンクが新ウィンドウで開かれたらどうでしょうか？

こんなのは言われなくても迷惑だという事が分かりますね。
では、新ウィンドウ表示はどのような場合に使うのが良いのでしょうか？

例えば、他のサイトへのリンクの場合のみ新ウィンドウで開くというのは有効な方法だと思います。
別サイトだからといって必ず新ウィンドウで開く必要はありませんが、自分のサイトとは別のサイトだということを明確に示す為にそうするのならば特に問題ないかと思います。

他には、画像ファイルを開く場合などには新ウィンドウ表示をしても良いと思います。
その場合、「別窓」のように新ウィンドウで表示する事を明記しておくと親切です。

IE6.0にはタブ機能が無いので新ウィンドウで開くとかなり迷惑な場合がありますが、タブブラウザが普及して来ている事や、IE7.0が標準でタブ機能を備える事を考えると、今後はそれほど新ウィンドウが迷惑ではなくなるかもしません。
とは言っても、無意味に新ウィンドウを開くのはやはり迷惑なので、適切に使い分けるのが良いと思います。